Pelno mokesčio įstatymo nustatyta, kad mokesčių mokėtojų buhalterinė apskaita privalo būti tvarkoma taip, kad ji teiktų pakankamą informaciją pelno mokesčiui apskaičiuoti. Apskaitos politika turi būti parengta taip, kad pagal ją parengta finansinė atskaitomybė parodytų tikrą ir teisingą organizacijos finansinę būklę ir veiklos rezultatus.

Finansinė apskaita – tai viena iš apskaitos rūšių apimanti ūkinių operacijų fiksavimą, analizę ir šios informacijos pateikimą vartotojams. Tačiau neužtenka finansinės, kurios formą nustato įstatymai, bet būtina organizacijoje pagal organizacijos viduje nustatyta formą vesti ir valdymo apskaitą – išsamios informacijos reikalingos tvarkantis organizacijos viduje rinkimas, klasifikavimas, įvertinimas ir pateikimas (pvz.: sprendimų, taisyklių, įsakymų registravimas).

Nevyriausybinės organizacijos tvarkydamos apskaitą turi vadovautis kaupimo principu, kuris reiškia, kad pajamos registruojamos tada, kai jos uždirbamos, o sąnaudos jų susidarymo metu, neatsižvelgiant į pinigų gavimą ir išmokėjimą. Taikant šį principą sudarant finansinę atskaitomybę turi būti užregistruojamos visos sąnaudos susijusios su ataskaitiniu laikotarpiu nepriklausomai nuo to, kada jos bus apmokamos.

Organizacijai svarbu įstatuose nustatyti, kas laikoma jos finansiniais metais. Dažniausiai tai būna kalendoriniai metai, tačiau pagal organizacijos specifiką galima nusistatyti ir kitaip. Finansinių metų nustatymas svarbus, nes pagal jį bus tvarkoma apskaita. Vadovas turi pasirašyti už finansinių metų ataskaitą, o tuomet institucija, nurodyta įstatuose (valdyba, revizijos komisija, visuotinis narių susirinkimas ir kt.) turi patvirtinti metinę finansinę ataskaitą. Vadovas atsakingas už finansinės ataskaitos sudarymą ir pateikimą laiku.

Organizacijos kasos operacijos (pinigų srautai) fiksuojamos kasos pajamų ir kasos išlaidų orderiais, avansine apyskaita, PVM sąskaita faktūra (jei organizacija yra PVM mokėtoja). Visos operacijos fiksuojamos kasos registre.