Daugelis aktualių smulkaus ir vidutinio verslo problemų yra įsisenėjusios ir nesprendžiamos. Nors visos valdžios plačiai deklaruoja paramą smulkiam ir vidutiniam verslui, kuriamos ir vykdomos įvairios verslo paramos programos, iš esmės smulkaus verslo padėtis negerėja. Įvairūs biurokratiniai barjerai, ypač mokesčių ir darbo santykių srityse, sukelia įmonėms daug sunkumų.
Daug žalos verslui padaro poįstatyminių aktų įvedimas atgaline data, nes paprastai įstatymai išeina be juos lydinčių nutarimų. Prieš priimant įstatymą taip pat turėtų būti laiko tarpas, per kurį įmonės pajėgtų susipažinti su pasikeitimais, o visi įstatymai turėtų įsigalioti nuo naujų finansinių metų.
Kita problema, liečianti smulkųjį verslą – nepamatuota mokesčių našta.
Mikroverslui turi būti įvestas neapmokestinamas minimumas, už kurį žmogus galėtų išgyventi. Dabartinė mokesčių politika sukelta dvigubai, buhalterija irgi patapo dviguba, smulkus verslas balansuoja ant kritinės išgyvenimo ribos.
Pagal mokesčių administravimo įstatymo pakeitimus, kuriuose yra įtvirtinta “piktnaudžiavimo” sąvoka ir suteikti neriboti įgaliojimai mokesčių administratoriui, nuo 2002 m. verslininkai nebegali pasinaudoti legaliomis priemonėmis, kad sumažintų mokesčių dydį ar atidėtų jų sumokėjimą, nes visa tai gali būti laikoma piktnaudžiavimu. Mokesčių inspektorius turi teisę perskaičiuoti sandorį, jeigu šis jam pasirodys neatitinkantis rinkos sąlygų ir “atkurti iškreiptas arba slepiamas aplinkybes”.
Šiuo metu vienas iš Smulkių ir vidutinių verslininkų asociacijos reikalavimų yra sudaryti verslą kontroliuojančių institucijų registrą, kuris būtų pateiktas internete ir atspausdintas „Valstybės žiniose“, kad matytųsi visų kontroliuojančių institucijų teisės, pareigos, atsakingi pareigūnai.
Priėmus LR pelno mokesčio įstatymą ir panaikinus investicijų apmokestinimo lengvatą labai pabloginta smulkių įmonių finansinė padėtis, atimamos lėšos įmonių plėtimui ir modernizacijai. Iki 2002 m. smulki įmonė mokėjo 13 proc. pelno mokestį, o jos investicijos buvo apmokestintos nuliniu tarifu. Nuo 2002 m. smulki įmonė moka 15 proc. pelno mokestį ir netenka investicijų apmokestinimo lengvatos. Verslo įmonių veiklą ypatingai apsunkina naujoji Avansinio pelno mokesčio mokėjimo tvarka, kurioje nebeliko APM mokėjimo pagal faktinius įmonės mokestinio laikotarpio rezultatus ir, net patirdama nuostolius, įmonė privalės APM mokėti neatsižvelgiant į realią padėtį. Pelno mokestis mokamas avansu, nežinant ar įmonė turės pelno, ar neturės.